日本馆坐拥4170平方米地表面积,该馆主题是”共存的多样性”,展馆正中央的木头不仅仅是建筑结构的一部份,更象徵了如植被,森林等自然元素,而”自然的睿智”又正是2005年日本爱知世博会的主题。森林与植被被视为从陆地到海洋的生命循环中不可或缺的一部份,对全世界人类的各类饮食也至关重要。
这座双层建筑的基座是一个三维木质网格,象徵日本多样性的起源。该展馆旨在成为一个”包容多样性的碗”,在这里植根于日本的多样性元素能在全球性危机中被视为一个强大的潜在贡献力量,这也符合世博会的主题,例如食品安全。该展馆的建造方式融合日本传统建造技艺,表现在建于七世纪的佛教寺庙法隆寺,这座寺庙完全由木头制成,没有任何金属链接或支撑,并结合日本如今在城市建筑中使用的反地振技术。
日本馆以一根简洁的筷子形状来呈现,从世博会缩写EXPO的E字母铺陈开来,意义上简单而形象地传递了其与食物的关联。